La saison 4 est sans conteste la rupture dans la continuité. Malgré une succession impeccable des saisons et des épisodes, le scénario, dans la saison 4, a été beaucoup modifié et a pris des tournures insoupçonnables et insoupçonnées. Mêlant épisodes sans avancée scénaristique, semblables à ceux des autres saisons, et épisodes axés sur le réseau et le Skidbladnir, la saison 4 a repris des aspects de la série abandonnée depuis la saison 1, accompagnés de réémergences graphiques et sonores. A ces réémergences s'ajoutent les sons et images des saisons 2 et 3, plus de nouveaux qui contribuent à l'ambiance particulière de la saison, qui se différencie alors des saisons 1, 2, et 3 par une ambiance caractéristique de fin de série.
On reproche à sa longeur considérable de 30 épisodes une fin trop abrupte et laissant des portes ouvertes laissant passer les courants d'air, mais finalement, Code Lyoko a toujours été faite avec un accent mis sur des événements dont nous ne sommes pas au courant, se déroulant entre les héros, et dont nous ne nous sommes jamais vraiment plaints. Il est donc logique que les héros continuent leur vie après la série sans que nous sachions comment, quand et pourquoi. Les personnages ne sont pas vieux et la série ne devait pas donner l'illusion, comme c'est trop souvent le cas, que leur vie s'arrête après la fin de leurs aventures extraordinaires.
Quant à la fin du méchant, c'était la seule plausible. On reproche trop souvent aux jeunes fermiers de devenir au bout d'une semaine le héros légendaire qui doit terrasser un esprit diabolique et millénaire. Code Lyoko a décidé de se régler avec les connaissances acquises plus qu'avec la force des armes, au moyen d'un programme informatique. Pourquoi pas, après tout? Pour détruire un virus, il suffit de découvrir comment faire, et tout un parcours initiatique aura permis aux héros de le découvrir. Les armes sont laissées aux combats pour l'antivirus d'Aelita, sa matérialisation, au sauvetage de Lyoko, puis de William...
Dans l'ensemble, les scénaristes s'en sont très bien sortis dans une saison et une série aux graphisme s'améliorant d'épisode en épisode, avec les musiques adéquates et les doublages qu'il fallait. En bref, et comme on le dit souvent aujourd'hui, que du bonheur.